A essere valutati i medici e i dirigenti dell'Iss per verificare il raggiungimento degli obiettivi, valorizzare l'organizzazione del lavoro e la soddisfazione degli utenti. I giudizi al termine del periodo di prova, annualmente, alla scadenza dell'incarico e nel passaggio da contratto a tempo determinato a indeterminato. In caso di disaccordo tra valutato e valutatore, ovvero un superiore, è previsto una sorta di appello, che verrà affidato a un nuovo organismo: il Nucleo di Valutazione e monitoraggio delle performance, formato da tre componenti, compreso il presidente, in carica tre anni. Nomina, revocabile, del Congresso di Stato. In attesa dell'istituzione dell'Elenco Nazionale di Esperti Valutatori presso l'Iss, i membri verranno selezionati preferibilmente dall'elenco italiano. Tra i compiti, aiutare il Congresso di Stato nella definizione degli obiettivi del Comitato Esecutivo dell'Iss, supervisionare la valutazione annuale del personale ed effettuare quella dei Dirigenti per il premio di risultato.
Due valutazioni negative consecutive possono causare la revoca dell'incarico, sostituito da uno inferiore. Non può diventare valutatore del Nucleo chi ha conflitti di interesse, come dipendenti Iss, loro parenti o politici. L'organismo sovraintende anche la valutazione dell'attività dell'Iss nel suo complesso per rilevare eventuali irregolarità. L'Autorithy Sanitaria, poi, può avvalersi del supporto e dei documenti forniti dal Nucleo di Valutazione. E a proposito di valutazioni e dirigenti dell'ospedale, non si spegne la polemica sul Direttore di Dipartimento Iss. Csu e Usl chiedevano il rinvio del bando di selezione per fare prima chiarezza sui due professionisti – esterni all'Istituto – ammessi al concorso. “Il ruolo in questione – dicono – è sempre stato ricoperto da chi era già Direttore di UOC all’interno del Dipartimento. E' mai possibile – si chiedono – che nessuno di loro volesse assumere quel ruolo?”.
