Le salite del Monte Bondone danno l'agognata scossa e così il Giro d'Italia screma il lotto dei contendenti al titolo e cambia anche padrone. La tappa 16 vede Joao Almeida trionfare allo sprint su Geraint Thomas, comunque più che consolato dall'approdo in maglia rosa. Dietro di loro, a 25”, c'è un Primoz Roglic in grande affanno e tenuto a galla dal grande lavoro del suo gregario KuSs, 5° di giornata alle spalle di Dunbar. E ora, la generale è una questione a tre, con Thomas che ha 18” su Almeida e 29” su Roglic. 4° a 2' 50” c'è Damiano Caruso, che come l'ex maglia rosa Bruno Armirail non ha retto al ritmo di chi punta al titolo.
I primi movimenti di rilievo arrivano sul GPM di Matassone: i due Astana Pronskiy e Scaroni prendono il largo e si alternano nel dare il ritmo, prima di essere ripresi sul Serranda dagli inseguitori. Tra questi anche il virtualmente rosa Aurelien Paret-Peintre, che si mantiene al comando anche nelle prime fasi del Monte Bondone. Ma è nel tratto antecedente il traguardo, circa 9 km con pendenza media dell'8% e picchi del 15%, che si decidono tappa e maglia. Ripresi i fuggitivi, Almeida e Thomas impongono un'andatura cui gli altri non riescono a replicare: Armirail abdica alla maglia rosa e crolla insieme a Caruso, Roglic a sua volta scivola a 40” dal duo di testa ma, con l'aiuto di Kuss, riesce a contenere i danni e quasi dimezza il distacco. Non abbastanza comunque per rientrare in gioco per la tappa che resta roba a due fino agli ultimi 600 metri, dove Almeida ha la meglio: così sono tutti contenti, il portoghese vince e il britannico va in Rosa.
