Il Giro arriva sulle Alpi ma lo fa in tono minore, con la tappa 13 di 199 km – che passa dalla Svizzera ed è l'unico di questa edizione a sconfinare - diventato tappina di 74 in mattinata causa maltempo. Sul traguardo in verticale di Crans Montana esulta Einer Rubio che nell'arrivo a triello stacca Pinot e Cepeda di 6” e 12”. Chi si aspettava scossoni nella generale invece resta deluso: Geraint Thomas si mantiene in Rosa con 2” su Roglic, 22” su Almeida e 42” su Leknessund, unico del lotto a perdere qualche secondo. Sempre 5° a 1' 28” Damiano Caruso, frizzante sulle ultime verticali ma non abbastanza per accorciare in classifica.
Il percorso definitivo è una mediazione tra la richiesta dei ciclisti di non fare la Croix de Coeur, per il rischio neve e i conseguenti pericoli in discesa, e la volontà dell'organizzazione di salvarla: dunque via la salita del Gran San Bernardo e partenza direttamente da Le Chable, ai piedi della vetta elvetica. Sulle rampe della Croix i protagonisti sono gli stessi che si prenderanno le prime posizioni al traguardo: Cepeda scatta e porta con sé Rubio, Pinot e Gee, che sarà 4°. Insieme a loro ci sono pure Armirail e Riccitello – svaniti in fretta – e Paret-Peintre, che a sua volta si stacca ma per poi rientrare in discesa. Al principiare di Crans Montana però saltano sia lui che Gee, perché qui Pinot sferza e il passo lo tengono solo Cepeda – che si concederà anche un allungo in solitaria – e Rubio, apparentemente il meno scintillante del terzetto. Invece tutt'altro, perché allo sprint decisivo il colombiano sorprende i rivali e li lascia sul posto, firmando il primo successo sudamericano di questo Giro. Nel gruppo di testa invece non si muove nessuno, Thomas amministra e si guadagna un'altra giornata in rosa.
